A qualidade sempre orientou todas as atividades das empresas do Grupo Balbo. Oficialmente, o Programa de Qualidade Total iniciou-se em 1992, com o treinamento de funcionários da Divisão Industrial da Usina São Francisco. A implantação dessa nova cultura possibilitou que, em dezembro de 1995, com a participação de todos os funcionários do Grupo, elaborássemos a Missão e os Valores do Grupo Balbo.

O processo de certificação ISO 9002 da Divisão Industrial da Usina São Francisco começou em novembro de 1996. Em agosto de 1998, após auditoria realizada pelo B.V.Q.I. (Bureau Veritas Quality International), os processos de produção de açúcar, álcool, levedura, óleo fúsel e bagaço receberam a certificação. Posteriormente, esta certificação foi atualizada para a norma ISO 9001:2000.

Toda a produção é submetida a sistemas internacionais de segurança do produto, como o GMP (sigla em inglês para Boas Práticas de Fabricação), que tem o objetivo de garantir as condições higiênico-sanitárias do alimento eliminando possíveis riscos de contaminação, o House Keeping de limpeza e organização e o Sistema de Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle – HACCP, método para prevenção aos fatores de risco ou perigos potenciais à inocuidade dos alimentos.